داستان فیلم مگان درباره دختر کوچکی به نام کدی است که پدر و مادر خود را در یک سانحه رانندگی از دست می‌دهد. او حال باید تحت سرپرستی خاله خود جما که یک مهندس رباتیک است زندگی کند اما جما توانایی رسیدگی به کدی را ندارد. او ساعات زیادی مشغول به کار است و نمی‌تواند از لحاظ عاطفی برای کدی تکیه‌گاه خوبی باشد، به همین دلیل رباتی به شکل انسان با نام مگان را برای کدی می‌سازد. با آمدن این ربات انسان‌نما به خانه همه چیز تغییر می‌کند.